Первые библиотеки (общественные избы читальни) в Белокатайском районе были открыты в 1896 году в селах Старобелокатай, Карлыханово, Емаши.

В  1938 году в районе уже было  2 библиотеки с книжным фондом 5733 книги и 16 сельских изб-читален.

Районная библиотека была открыта в 1939 году (библиотекарь У.А.Зубарева), детская в 1954 году с книжным фондом 3090 экземпляров, который к 1970 году увеличился  до 19598 экземпляров.

Работа библиотек направлялась райкомом партии, местными партийными организациями. Библиотекари освещали ход соцсоревнования, оформляли «Боевые листки»,  «Молнии», бюллетени, стенды, лозунги и плакаты, проводили беседы с животноводами, участниками полевых работ.

К 1958 году в районе уже было 11 сельских библиотек с книжным фондом более 81 тысяча книг.

В 1977 году библиотеки были объединены в централизованную библиотечную систему под руководством директора  Щербининой Нины Николаевны. В  районной библиотеке созданы отделы обслуживания, комплектования, внестационарных форм обслуживания. Сельские библиотеки преобразованы в филиалы централизованной библиотечной системы (в настоящее время их 19).

20 ноября 2006 года Постановлением Правительства республики Башкортостан Муниципальному бюджетному учреждению культуры межпоселенческая центральная библиотека было присвоено имя Фаниля Нафиковича Баишева - ученого-востоковеда, лауреата Государственной премии Республики Башкортостан имени Салавата Юлаева.